Il a maintenant la quasi certitude que c’est bien cet auditeur, François Salome, qui les lui avait prises, pendant qu’il était sorti de la salle quelques minutes, pour s’entretenir avec un membre de l’équipe auditée.
Voici ma proposition tant pour les pauses que pour la syntaxe.
François Salomé : apposition entre virgules
pendant qu’il était…= complément circonstanciel en milieu de phrase entre virgules.

Voici ma proposition pour l’orthographe : on écrit quasi–certitude.
Pas demandé, mais ça vous évitera de commettre une faute.