De fait, les nombreuses incohérences de « l’usage » m’agacent prodigieusement. Dans votre lien, j’ai repris un extrait éclairant.

« [si] le trait d’union sert à créer des mots composés dont le sens dépasse celui de ses composants, […] sa présence n’est pas systématique, ce qui cause de nombreuses hésitations. Jugez plutôt : on écrit coffre-fort mais château fort, rez-de-chaussée mais pied de nez. On veillera également à ne pas confondre au-dessus et en dessous. Les choses se corsent encore davantage s’agissant des noms propres : parce qu’il faut au moins cela pour relier cinquante États, les États-Unis prennent un trait d’union, mais pas le Moyen Âge, qui a beau « s’étirer » sur 1000 ans. Enfin, la typographie oppose Jean sans Peur (et sans trait d’union !) à Louis XV le Bien-Aimé. »

À quand un comité pour des « Règles-de-production-claires du trait d’union » ?

Il fut un temps où certaines choses m’agaçaient aussi dans les incohérences de la langue écrite. Cela m’a un peu passé car ce qui est agaçant est plutôt le comportement des censeurs et des « puristes » et le rôle social joué par l’orthographie. Le français écrit de France est de ce point de vue le code graphique le plus fantaisiste qui soit dans les grandes langues « occidentales ». Faute d’avoir pu choisir à temps entre les deux grandes tendances, étymologique ou phonétique, il faut assumer un incroyable édifice baroque dont l’intérêt final reste à démontrer.
Bien entendu mon point de vue est iconoclaste ici, même s’il ne fait que  reprendre  des thèses activement défendues par de nombreux grammairiens et linguistes. L’important pour l’avenir est de lutter pour la réforme d’ensemble à l’échelle de la Francophonie qui permettra au français de garder son homogénéité sur les cinq continents et pour des centaines de millions de locuteurs que la question du trait d’union passionne moins que les valeurs portées par la langue et le patrimoine culturel qu’elle incarne.

Bien dit ! Je suis tout à fait d’accord avec ce que vous dites du rôle social de l’orthographe et de la syntaxe qui n’ont pas toujours à voir avec des raisons d’ordre linguistique. La raison d’être de la règle de l’accord du participe passé avec l’auxiliaire avoir procède, en français, de la même démarche que l’usage des idéogrammes dans la Chine des lettrés (ou des hiéroglyphes en Egypte par rapport à l’écriture cursive).

Cela étant, comment doit agir un correcteur ? Et, sur ce site, comment faire pour indiquer à quelqu’un qui en a besoin les règles actuelles sans risquer de devenir soi-même un « puriste » ou un « censeur » ?

Voici une réponse sommaire pour améliorer les réponses aux questions courantes, à défaut d’éliminer la difficulté fondamentale  :
1. Privilégier partout où cela est possible les règles stables et la logique contre les exceptions, les incohérences, même académiques, ou les habitudes injustifiées ;
2. Passer sous silence ou minimiser tout ce qui brouille la lisibilité ou la mémorisation (cas rares ou improbables, finasseries interminables et superflues pour la question posée) :
3. Lorsqu’il y a plusieurs variantes également acceptables, ne pas hésiter à mettre en avant celle qui correspond le mieux à l’usage contemporain (études de fréquence en particulier).
Rien de bien compliqué, mais il faut avoir les idées claires au départ tout en sachant relativiser la gravité des incorrections.
Pour le reste, il faudra attendre que le système de référence change, ce qui peut se révéler assez long…