Je ne crois pas qu’on se soit encore vus : le sens de la phrase montre que « on » a le sens de « nous ». Le participe passé s’accorde selon le sens. Si « on » remplace un féminin pluriel > vues

Non. Vous ne devez jamais utiliser « l’on » dans le sens de « nous » (l’on est venues). Est-ce sur ce point que porte votre question ? Ou porte-t-elle sur l’identification du COD du verbe voir ? Ou sur la construction pronominale ? Où encore sur l’adverbe à utiliser quand on fait porter la négation sur le verbe croire et non sur le verbe voir, en envisageant que « je crois qu’on ne s’est pas encore vus » doive devenir « je ne crois pas qu’on se soit déjà vus » ?