Dans le contexte de votre phrase, s’expliquer signifie « aplanir un différend » comme vous l’expliquez… cela n’a pas le sens de donner un éclaircissement, donc je mettrais ce verbe dans la catégorie des pronominaux autonomes (en raison du changement de sens et du caractère non analysable du pronom « se »).
Donc Depuis, les deux frères se sont expliqués. Je précise que pour cette catégorie, on accorde le PP avec le sujet. 

En revanche, si l’on prend le verbe « s’expliquer » au sens de donner des éclaircissements : ils se sont expliqué les règles (sens réciproque, on n’accorde pas le PP car le COD  » les règles »  est placé après et le pronom « se » est COI) .