Ah mais vous dites-là deux choses différentes.
Voyons ce que cela donne en ajoutant du contexte :
1 Il vaudrait mieux que nous fassions les courses tout de suite / avant la  nuit / demain plutôt qu’aujourd’hui.
2 Il vaudrait mieux que nous ayons fait les courses  quand ils arriveront, ainsi, nous pourrons les recevoir de façon détendue.
En 1 le subjonctif présent exprime une action inachevée (ici le futur).
En 2  le subjonctif passé a une valeur d’achèvement, d’antériorité par rapport au fait qui suit (en gras)