Plaçons cette expression en contexte si vous le voulez bien.
Il nous a confié quelques secrets ; il n’en est que plus mystérieux.
– Tout d’abord en :
Il n’en est que plus mystérieux : il est encore plus mystérieux à cause de cela.
« en » est pronom complément circonstanciel de cause

– Ensuite ne que 
Exemple : Je ne suis que de passage = je suis seulement de passage

n’être que plus = être encore plus
exemple : il n’est que plus vilain depuis qu’il s’est fait refaire le nez = il est encore plus vilain depuis qu’il s’est fait refaire le nez

Il est très fatigué mais nous a beaucoup aidé ; il n’en est que plus admirable.
Il n’en est que plus admirable = il est encore plus admirable à cause de cela.