Combien d’heures s’étaient écoulées ?
réponse : 12 heures s’étaient écoulées.
ou
combien d’heures s’était-il écoulé ?
Il s’était écoulé douze heures.

La forme personnelle avec reprise pronominale est correcte (même si apparemment, celle sans serait « de meilleure langue »), extrait de l’Académie sur ce point :
Quand une interrogative partielle commence par un pronom interrogatif sujet ou par un déterminant interrogatif, il est de meilleure langue de ne pas reprendre ce sujet par un pronom personnel, même si cette construction se trouve sous la plume de grands auteurs. On se souviendra donc que l’on dira plutôt Combien d’auteurs sont sélectionnés ? que Combien d’auteurs sont-ils sélectionnés ?),

donc Combien d’heures s’étaient-elles écoulées ? doit  être acceptée. On en trouve d’ailleurs facilement des occurrences.

(L’alternative avec la forme impersonnelle proposée par Joëlle est peut-être moins déroutante.)

L’absence du pronom de rappel ou de reprise dans une phrase interrogative est un sujet d’achoppement assez régulier, sur ce site comme chez les grammairiens ou commentateurs de langue.
La position de l’Académie citée par Marcel1 (il est de meilleure langue de ne reprendre après combien) est totalement  arbitraire même si elle est teintée de tolérance. Le problème est qu’elle finit par entrainer dans son sillage toutes les questions et que le pronom de rappel disparait partout. Par contamination, on ne le trouve donc plus après Comment ?, Quand ? Où ?, etc., ce qui est incorrect mais devient courant, en particulier dans les médias qui influencent fortement la langue parlée. La dénommée Académie française ne s’est d’ailleurs pas exprimée sur cette question mais vous pouvez lire ici ce qu’en dit J.-Y. Hervieu dans la rubrique littéraire du Nouvel Observateur (avec Pourquoi ?).
En conclusion, on est en droit d’estimer que la suppression de ce pronom, loin d’être « de meilleure langue » est un polluant de la syntaxe. Les phrases interrogatives finissent par trop ressembler à des phrases affirmatives, surtout à l’écrit où seul le point d’interrogation final (parfois très éloigné) marque la différence.
Donc, de préférence : « Combien d’heures s’étaient-elles écoulées ? »