Bonjour Onirique.

Il faut d’abord se demander si l’on veut marquer une négation ou pas  après « ça fait longtemps que ».

Longtemps indique une longue période, une durée.
On ne peut manifestement pas utiliser une phrase affirmative avec un verbe au passé à l’inverse de ce que l’on ferait après une date précise.
Je ne t’ai pas vu depuis une longue période
mais pas : je t’ai vu depuis une longue période.

Mais on peut dire : je ne te vois pas depuis une longue période et je te vois depuis une longue période, bien sûr avec un sens différent.

Pour exprimer cette négation après « ça fait longtemps que », le Bon Usage nous dit :
« §1014 – Ne employé facultativement seul
[…]
f)Après depuis que, il y a (tel temps) que, voici ou voilà (tel temps) que, cela fait (tel temps) que . 
Rien n’avait été changé dans la chambre, depuis dix mois qu’elle n’y était venue (Zola, Bête hum., viii). — Il y avait bien trois semaines que je ne l’avais vu (P. Benoit, Soleil de minuit, p. 158). — Voilà longtemps qu’il n’a tué quelqu’un (Hugo, Lég., XVII, 4). — Il a bien changé depuis que je ne l’ai vu.

Avec la négation complète : Voilà deux ans qu’il ne m’a pas vue ( Mauriac, Feu sur la terre, p. 15). — Votre mère va bien ? Voilà longtemps que je ne l’ai pas vue (Arland, Terre natale, p. 155). — Il y a combien de temps que tu n’as pas bu ? (Sartre, Le diable et le bon Dieu, X, 2.) — Il y avait cinq ans qu’elle ne l’avait pas aperçu (Druon, Grandes familles, IV, 7). — Il y a si longtemps que nous ne nous sommes pas vues ! (Troyat, Les semailles et les moissons, p. 417.) — Il y a des années que je n’avais pas vu Audiberti (Guth, dans le Figaro litt., 14 janv. 1956). — Il y avait longtemps qu’il n’avait pas plu (Lanoux, Berger des abeilles, p. 229). »

Et l’office québécois de la langue française : « Pour marquer la négation après cela fait… que, depuis… que, il y a… que, voici et voilà, on peut employer ne seul, ne… pas et ne… plus si le verbe qui suit est conjugué à un temps composé. Par contre, si le verbe employé est conjugué à un temps simple, il est nécessaire d’utiliser une négation complète. »

On peut donc dire ou écrire, me semble t-il :
Cela fait longtemps que je ne t’ai vu
ou
Cela fait longtemps que je ne t’ai pas vu.

Je pense (à confirmer par d’autres plus calés que je ne le suis) que ce n’est effectivement pas correct.

La négation se forme avec « ne » et « pas ». Les exceptions où « ne » peut être utilisé seul sont relativement rares et plutôt en langue soutenue :
dans le langage formel le deuxième adverbe de négation peut disparaître devant cesser, oser, pouvoir, savoir
(selon le Larousse des difficultés grammaticales )

Comme nous ne sommes pas ici dans un de ces cas, il faudrait dire « Ça fait longtemps que je ne t’ai pas vu ».

A noter aussi que « Ça fait longtemps que je t’ai vu » semble être une expression du Quebec qui voudrait dire… « Ça fait longtemps que je ne t’ai pas vu »
(trouvé ici: http://street-hypnose.fr/forum/topic/1952-recueil-dexpressions-fran%C3%A7aises-france-franglaises-qu%C3%A9bec/)

Merci à tous les deux pour ces réponses complètes. La réponse est pour moi évidente, on met « ne » d’instinct, mais il arrive qu’on se trompe…