Qu’es-tu venu me dire que je ne sache pas déjà ?  => tout c que tu es venu me dire, il y a  de grandes chances que je le sache déjà. L’énonciateur ne s’attend pas à des informations nouvelles pour lui. Le subjonctif exprime ici le doute, le scepticisme.
Qu’es-tu venu me dire qu e je ne sais pas  déjà ? c’est une question ouverte : avec l’indicatif,  l »énonciateur attend des informations.