La phrase ne convient pas :

– « Avoir du mal avec » est une  tellement entendue qu’elle en est devenue familière et on précisera sa pensée : quelle sorte de difficulté a-t-on avec le fait évoqué.
Je ne supporte pas l’idée – je souffre de savoir que – je suis indigné/ choqué/ triste/etc.
Avec « que tu eusses été », l’émetteur du message veut utiliser un niveau de langue soutenu, voire littéraire mais ce n’est pas le temps qui convient ici, ni le mode d’ailleurs. Normalement on aurait :
Je ne supporte pas le fait que tu as été marié.
Le fait que « je » ne supporte pas est bien réel, il faut, pour en rendre compte, le mode du réel, c’est à dire l’indicatif.

Bonsoir,
le TLFI indique qu’après la locution « le fait que » on peut employer l’indicatif (pour insister sur la réalité du fait) ou le subjonctif !
Le fait que sois mariée / Le fait que tu es mariée.
Le subjonctif plus-que-parfait est donc, en théorie, possible ! En revanche, la phrase pose un problème de concordance comme l’a dit Tara. Si vous tenez à votre temps, il faudra préférer:
« J’avais eu du mal avec le fait que tu eusses été mariée. » (léger)
Mais entre nous je vous conseille les femmes pas mariées, elles sont plus accessibles :p.
Bonne journée