Bonjour,
Le choix entre l’indicatif et le subjonctif n’est pas mécanique : l’indicatif privilégie les faits, le subjonctif l’idée qu’on s’en fait. Même si on en doute, qu’on n’en a pas connaissance, on peut énoncer un fait dans sa réalité à l’indicatif, mais ici le maintien de l’alternative (mortes ou vivantes ?) laisse à penser que c’est la réflexion qui est mise en avant et qui appellerait logiquement le subjonctif.
Il est à peu près certain que quelqu’un est soit mort, soit vivant ! L’incertitude ne porte donc pas sur l’ensemble « mortes ou vivantes », mais aussi bien sur une possibilité que sur l’autre. La formulation permet  d’éviter la répétition :  « On ne peut toujours pas être certains que les filles soient mortes, ni certains qu’elles soient vivantes. » …et aussi d’envisager que certaines soient mortes et d’autres vivantes, ce que n’autorisent pas  vos propositions de remplacement.

Je suis d’accord avec Bruno.

°On ne peut toujours pas être certains que les filles sont mortes ou vivantes.
On ne peut toujours pas être certains que les filles soient mortes ou vivantes.

Le sens de ces deux phrases est différent un seul est valable.
Information : les filles sont mortes ou vivantes – information : on ne peut pas en être certains : le sens est absurde
Information : on ne peut pas être certains – objet de la pensée : les filles sont-elles mortes ou vivantes ?
Ici seul le subjonctif a un  sens acceptable.
L’indicatif présente le fait comme une information qui existe dans le contexte, l’entourage de l’énonciateur et de son destinataire
Le subjonctif présente le fait comme objet, contenu de la pensée exprimée dans la principale

Bonjour,

comme le dit Tara cette phrase est absurde.

La seule chose dont est certain c’est que les filles sont mortes ou vivantes. On imagine difficilement un troisième état qui viendrait contredire cette affirmation !

Zut, je suis toujours perdue.
Je vais lui proposer de reformuler sa phrase 😀

Merci pour vos réponses !