Bonjour

et ce = et cela 

Remarque:

Ceux est un pronom démonstratif mis à la place d’un nom. On peut le remplacer par celles sans modifier le sens de la phrase.

Ceux qui m’ennuient seront punis
Celles qui m’ennuient seront punies

En revanche dans la phrase

Ce qui m’ennuie dans cette région c’est qu’il pleut souvent.

Vous ne pouvez pas remplacer «ce» par«celles». Donc ce est la bonne orthographe.

Bonsoir VDH.

Il s’agit du pronom démonstratif neutre ce mis pour ceci ou cela, la chose.

Dans votre phrase, « Compte tenu des difficultés de mise en place et ce malgré la réinscription… », ce est utilisé pour rappeler sans le répéter, le groupe de mots des difficultés de mise en place.