Bonjour,
Dans ce type de phrases introduites par Comment avec une conjugaison composée, on rappelle le sujet par un pronom après l’auxiliaire. Cependant, il arrive fréquemment, à l’oral familier, que cette règle ne soit pas respectée.

Le verbe changer peut signifier soit évoluer, soit modifier. Dans le premier cas, la chose qui n’est plus la même est le sujet du verbe (Le monde change = Le monde évolue)  ; dans le second cas,  la chose qui n’est plus la même est l’objet  (Il change le texte = Il modifie le texte) .

Avec votre exemple, les deux auxiliaires sont possibles mais ne correspondent ni au même temps de conjugaison, ni exactement au même sens (même si cela reste proche) :
Comment la classe a-t-elle changé ? [passé composé à la voix active] = vous souhaitez savoir comment la classe a évolué
Comment la classe est-elle changée ? [présent à la voix passive] = vous souhaitez savoir ce qui a été modifié

[Ma réponse vaut, sans l’interrogation en comment, que je trouve un brin étrange, sauf s’il elle porte sur l’intensité : Elle un peu, beaucoup, pas du tout changé.]
Les deux phrases sont équivalentes, à la nuance près, qu’avec l’auxiliaire avoir, l’accent est mis sur le processus (passé), avec l’auxiliaire être, l’accent est mis sur le résultat (présent), dans ce dernier cas, la forme n’est pas passive, sauf à dire – de façon très peu naturelle et très peu probable –  que la classe est en train d’être changée par quelqu’un. Avec le passé la classe a été changée par le professeur, ça passe un peu mieux, mais ça me parait très artificiel (il faudrait par ailleurs savoir s’il s’agit de la classe-la pièce, ou de la classe-les élèves).

Avec un autre sujet que classe, ça pourrait être envisagé : Paul a beaucoup changé depuis qu’il a la foi (vision processus) / Paul est très changé depuis qu’il a la foi (vision résultat) / Paul a été très changé par la foi (vision passive).