Marie vous remercie pour les encouragements que vous lui avez envoyés.
Marie vous remercie pour les encouragements que vous avez eus pour elle.
Selon la règle du participe passé : dans les deux cas l’auxiliaire employé est « avoir ». L’accord se fait avec le COD s’il est placé avant. C’est le cas ici.

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Le pronom (relatif)  « que »reprend le nom qui le précède, dans les deux cas « encouragements », il en a le nombre et le genre.
Il est COD du verbe de  la proposition relative (en italiques).

Ce qu’on voit bien si on décompose chacune des phrases en deux phrases simples :
Marie vous remercie pour les encouragements que vous lui avez envoyés.
Marie vous remercie pour les encouragements
vous lui avez envoyé des encouragements

Marie vous remercie pour les encouragements que vous avez eus pour elle.
Marie vous remercie pour les encouragements
vous avez eu des encouragements pour elle.

Vos deux phrases sont correctes. Vous lui avez envoyé quoi ? Les encouragements, COD « que » placé avant le verbe, donc accord avec celui-ci.