Les sites touristiques utilisent majoritairement « dans le Marais poitevin ».

Le choix entre « dans » et « en » est difficile à justifier.
En + noms féminins et dans le + noms masculins ? Pour les département oui, mais  pour d’autres lieux, ce n’est pas si simple :
D’après mes lectures à ce sujet, il semblerait qu’on utilise en + nom (même masculin et même commençant par une consonne) quand le lieu  est senti comme une  entité ancienne appartenant à une tradition. En Calvados, en Brière.  Si ce n’est pas « en » qui a été choisi ici, c’est peut-être à cause de la composition du nom qui n’est pas vraiment figé en nom propre. dans le marais > dans le marais poitevin > dans le Marais poitevin

Merci Tara, je prends note de ces conseils.