Bonjour,

Dans tous les cas de figure (3 formes interrogatives possibles) on dit :
– Quelle heure est-il ? (langue soutenue)
– Il est quelle heure ? (avec une intonation montante)
– Quelle heure est-ce qu’il est ? (plus lourd)

IL est pronom impersonnel comme dans les tournures :  il pleut ou il y a

Bonne journée !
Cordialement
Pygmalion

« Quelle heure elle est ? » n’est pas correct.
Tout au plus pourrait-on dire « quelle heure il est ? », mais cette formule fait partie du langage familier.

Lorsque le sujet est un pronom personnel, la langue soignée, surtout écrite, marque l’interrogation par l’inversion du sujet. On préfèrera alors « quelle heure est-il ? » où « il » est un pronom impersonnel (il pleut. Pleut-il ?)