Comme souvent, la préposition sur renvoie à une vision matérielle ou physique des choses (le territoire, la superficie), dans (ou à ou en) à une entité abstraite (la région, l’État, etc.).
La nuance peut être minime : ici, on peut acquérir des terrains sur l’ile de Malte ou à Malte (l’État).

Bonsoir,
Le français est une langue qui, heureusement, offre de nombreuses libertés de combinaison : dans l’île de Malte, sur l’île de Malte, à l’île de Malte… toutes ces options sont possibles, chaque préposition apportant sa nuance.
Sacratif, depuis bien des années, avait établi le centre de ses opérations dans l’île de Scarpanto (Jules Verne, L’Archipel en feu)
Ainsi, me dit-il, on ne sait encore où est allé périr ce troisième navire construit par les naufragés sur l’île de Vanikoro (Jules Verne, Vingt mille lieues sous les mers)
Napoléon fut emprisonné à Sainte-Hélène, et, pour le mieux garder, l’Angleterre établit une garnison à l’île de l’Ascension, et une autre à Tristan d’Acunha… (Jules Verne, Les enfants du capitaine Grant)

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Le choix de la préposition fait à mon avis écho à la représentation dimensionnelle (réelle, politique et symbolique) que l’auteur veut donner, consciemment ou inconsciemment, de l’île.

Avec à, il n’y a qu’une dimension. L’île, en général de petite taille, est assimilable à un point ou en tout cas à un objet géographique concevable dans son unité.
Avec sur, il y a deux dimensions.  L’île est d’abord une surface, un objet cartographiable, dont on peut appréhender l’organisation assez simplement comme vue du ciel.
Avec dans, apparaissent trois dimensions ou plus. L’île est un espace délimité d’une certaine épaisseur, avec des volumes physiques que l’on peut explorer (bâti, végétation, etc.) ou des réalités culturelles et sociales complexes.

Vous remarquerez que le triple choix prépositionnel est également possible avec des villes : Ce week-end, je serai à/sur/dans Paris. 

Merci pour tous vos conseils, j’ai décidé d’alléger et de partir À Malte…