Votre phrase ne dérive pas d’un « croire en + complément » comme vous semblez le penser, mais d’un « croire + complément direct ».

Croire –> pronom « que »
Dans la plupart des cas, dont votre exemple, c’est la forme transitive directe du verbe « croire » qui est utilisée.
Le pronom relatif COD est « que ».
— Je crois que c’est vrai, je crois cela, c’est ce que je crois, contrairement à ce que je croyais, contrairement à ce qu’on pourrait croire…

Croire à –> pronom « y », « à laquelle », « à quoi »…
Il existe une construction transitive indirecte avec la préposition « à ».
— Je crois à cette idée, j’y crois, contrairement à cette idée à laquelle je croyais…
— Ce à quoi je crois, c’est…

Croire en –> pronom « en lequel », « en quoi »…
Quant au mot « en » de la forme « croire en », il ne faut pas y voir le pronom « en » équivalent de « de + nom » qui donne aussi le pronom relatif « dont » (je parle de cette chose, j’en parle, cette chose dont je parle), mais un autre mot, du latin « in » et n’étant pas devenu « dans ». Ce « en » dans le sens de « dans » est rare suivi d’un déterminant défini, généralement dans des formules lexicalisées. Il n’introduit pas un complément d’objet.
Le pronom associé est « en lequel » (ou « en qui ») comme on fait avec « dans lequel »…
— Le mariage a été célébré en la cathédrale –> la cathédrale en laquelle le mariage a été célébré…
— J’ai confiance en la loi, la loi en laquelle j’ai confiance…
— Je crois en ces personnes, ces personnes en qui je crois…
— Cette théorie en laquelle on pourrait croire…
Avec un antécédant neutre, c’est « en quoi » :
— Ce en quoi je crois, c’est…
On peut tenter un « on pourrait croire en cela ; contrairement à ce en quoi on pourrait croire… », mais cette dernière formulation manque de sens. C’est bien la construction transitive directe qu’il faut utiliser dans votre phrase.

Contrairement à ce qu’on pourrait croire, il se débrouille très bien seul.
= contrairement à la chose qu’on pourrait croire
On pourrait croire à cela, à cette chose :  « que »pronom relatif,  reprend le pronom « ce » (ou cela, ou le nom « cette chose) qui est complément d’objet indirect introduit par « à ».

Or, le pronom relatif « dont ne peut reprendre qu’un complément (du verbe ou du nom) introduit par de.
Voici :
Je te rappelle ce dont on avait parlé = je te rappelle ce (cela) : on avait parlé de ce (cela).
Regarde l’homme dont la veste est tombée= regarde l’homme – la veste de cet homme est tombée