C’est connue car c’est l’arme de la mort qui est connue sous le nom de « Little Boy », connue, comme tout adjectif s’accorde avec le nom auquel il se rapporte.

Lewis prit une grande respiration, et l’arme de la mort, connue sous le nom de « Little Boy », se précipita à vive allure vers le sol asiatique…
Connue – comme participe passé employé comme adjectif – s’accorde avec l’arme de la mort ( qui est connue sous le nom de Little boy).