Bonjour,
Deux inconnus est dans votre exemple le sujet (inversé ici). Avec « avoir » on accorde avec le COD s’il est placé avant l’auxiliaire.  Le COD étant « l' », mis pour « cela », aucun accord (pas de « s » à « fait ») mais « auraient »bien  au pluriel car ce sont les deux inconnus qui font l’action.
« Ainsi l’auraient fait deux inconnus ».
Bonne journée !
Sophie