Vous avez le choix entre le conditionnel passé qui pose nettement une éventualité :
Comprendre que cela a bien existé, implique qu’un jour une personne aurait pu le créer. 
Le subjonctif passé qui indique un degré d’incertitude :
Comprendre que cela a bien existé, implique qu’un jour une personne ait pu le créer.
Et le passé composé de l’indicatif, temps du réel (modalisé par le verbe pouvoir qui maintient au fait un degré d’incertitude):
Comprendre que cela a bien existé implique de penser qu’un jour une personne a pu le créer.

Attention à respecter une logique dans la phrase.
« Comprendre » ne peut normalement pas impliquer  un fait (création) mais l’acceptation de ce fait ou de la possibilité que ce fait soit.
Je vous propose :
Comprendre que cela a bien existé implique d’accepter de penser qu’un jour une personne aurait/ait/a pu le créer.