Le subjonctif imparfait sert à exprimer une action incertaine, non réalisée au moment de l’énonciation. Le subjonctif imparfait a la même valeur que le subjonctif présent, mais il est employé dans un texte écrit au passé.

Donc, vous pouvez utiliser le subjonctif imparfait dans votre phrase mais le subjonctif présent est possible aussi.
Du fait de l’obscurité, je n’étais pas certaine qu’il fût vraiment là. / qu’il soit là.

Merci de m’avoir répondu.

Si le subjonctif est accepté, qu’en est-il de l’indicatif ? Par exemple :

« Du fait de l’obscurité, je n’étais pas certaine qu’il était vraiment là. »

Comme souvent en ce qui concerne la possibilité d’employer les deux modes (indicatif et subjonctif), je suis d’un avis différent.
La règle dit une chose, l’analyse du discours qui emploie effectivement l’un ou l’autre selon les cas, la contredit.
Ci-dessous deux citations de Le subjonctif comme marqueur procédural – Alain Rihs –Dans Syntaxe & Sémantique :
– Le subjonctif n’est pas une forme inerte, commandée mécaniquement par certaines structures.
– Ce n’est pas parce que la nuance de sens résultant de la commutation des modes est difficile à expliciter qu’elle est inexistante (comme dans Je ne crois pas que c’est elle vs Je ne crois pas que ce soit elle) ;

Du fait de l’obscurité, je n’étais pas certaine qu’il fût vraiment là.
Du fait de l’obscurité, je n’étais pas certaine qu’il était vraiment là.
Les deux modes sont possibles; ce qui détermine l’un ou l’autre mode est la position mentale du locuteur concernant le fait de la complétive (être vraiment là)

Voici ce qu’on lit dans Le subjonctif, fragments d’une théorie énonciative – H. Nolke Langages Année 1985 :
Si on se sert d’une paire de termes informels à laquelle les linguistes ont souvent eu recours pour décrire le subjonctif, on pourra dire que [la forme du  subjonctif] est « subjective », alors que [la forme de l’ indicatif] est « objective ». On a souvent soutenu que plus grand est le degré d’objectivité du contenu d’une complétive, plus marquée sera la possibilité d’y mettre l’indicatif. Ainsi, Paul Gochet évite le subjonctif « obligatoire » dans  : II est faux que la terre est plate.

Je suis désolée de faire autant de citations d’ouvrages spécifiques mais aller contre une règle normative qui est répétée régulièrement alors qu’elle contredit l’emploi courant des discours m’y a obligée un peu.

[…] un fait est tenu pour « mutuellement manifeste » par le destinataire lorsque ce dernier sait (ou en tout cas fait l’hypothèse) que le locuteur l’envisage comme un élément d’arrière-plan, faisant partie, si l’on veut, du contexte communicationnel tenu pour acquis. Or, qu’il soit ou non présupposé, le fait enchâssé à l’indicatif fait l’objet, de la part du locuteur, d’une forme de mise en évidence, qui a tout à voir avec son caractère manifeste, alors que le fait enchâssé au subjonctif, inversement, ne présente jamais un intérêt cognitif par lui-même, en tant qu’objet manifeste de discours ; en d’autres termes, la « factualité » du subjonctif, au contraire de celle de l’indicatif, n’est jamais pertinente. Le subjonctif comme marqueur procédural – Alain Rihs

Bonjour,

Avec un peu de retard, je me range à l’avis de Joëlle en ce qui concerne votre phrase. Le subjonctif est requis

Si je suis d’accord avec Tara quand à la possibilité des deux modes après  » Je ne suis pas certaine… », le fait est que le doute ici est clairement exprimé par le syntagme  « Du fait de l’obscurité ». « …qu’il soit vraiment là. » ne peut donc pas être tenu pour acquis.

En revanche l’indicatif est pleinement justifiable dans la phrase suivante :  » Je ne suis pas certain qu’il est là pour ça » ou le doute ne porte pas sur la présence ( il est là) mais sur la raison de sa présence.