Comment veux-tu que ça aille mieux ?

Cette phrase  doit être construite avec un subjonctif (aille) dans la subordonnée car c’est une interrogative,  de même pour les négatives.

Pensez-vous qu’il aille bien ? subj.
Je pense qu’il va bien. ind.
Je ne pense pas qu’il aille bien. subj.

Le type de phrase n’a pas toujours d’incidence sur l’emploi du subjonctif.
Cela ira-t-il mieux ?
Penses-tu que cela ira/va mieux ?
etc.

Ce qui commande le subjonctif, c’est ce qu’on appelle parfois (mais l’appellation est bien commode) le semi-auxiliaire qui précède.
1
– je veux que cela aille mieux
– je crains que cela aille mieux
– je désire que cela aille mieux.
– etc.
—
mais :
—
2
– j’espère que cela ira mieux.
– je crois que cela ira mieux.
– etc.
—-
3.
Et pour compliquer encore les choses, effectivement, quand le semi-auxiliaire (2) est pris dans une forme négative ou interrogative, le subjonctif est possible (mais pas systématique) en subordonnée :
– je n’espère pas que cela aille/ira mieux. – Espères-tu que cela aille/ira mieux ?
– je ne crois pas que cela aille/ ira mieux. – Crois-tu que cela aille/ira mieux ?
– etc.
—-
alors pourquoi ?
Les semi-auxiliaires (1) et les types de phrases interrogatives et négatives apportent une notion de doute sur le fait de la subordonnée.

[Remarque : le cas de « espérer ».
On peut se demander pourquoi il n’entraîne pas systématiquement et dans tout type de phrase, le subjonctif.
L’espoir est précisément un sentiment qui envisage fortement la réalisation du fait.  Il faut aller voir du côté de l’étymologie du verbe :
Le TLF  : Ca (environ) 1050 transitif esperer « considérer comme devant se réaliser.
et Le Robert présente même ce sens comme actuel : Considérer (ce qu’on désire) comme devant se réaliser (s’oppose à désespérer).]

Le verbe vouloir appelle le subjonctif, contrairement au verbe penser. Il n’y a pas de subjonctif futur. Une subordonnée, même avec un sens futur, introduite par le verbe vouloir, appelle donc le subjonctif présent :
— tu penses qu’il ira, penses-tu qu’il ira, comment penses-tu qu’il ira…
— tu veux qu’il aille, veux-tu qu’il aille, comment veux-tu qu’il aille…