La concordance des temps est à ce stade une question chronologique : quand se déroulent vos actions ?
si les réponses données entre parenthèses sont justes, alors les verbes sont bien conjugués.

L’auteur insiste (aujourd’hui) sur le fait qu’il a trouvé (hier/avant d’insister) dans la théorie baroque les outils qui lui permettent (aujourd’hui/ après avoir trouvé) de tenir sur la peinture de l’époque un discours dépourvu (participe passé épithète …plus léger) de…etc

fût : est du subjonctif : qu’il fût (j’étais désolée qu’il ne fût pas présent)

Bonjour pivot86.

En voulant exprimer une action terminée au moment où il parle, il est logique d’employer le passé composé pour le verbe trouver.

Le temps utilisé dans les autres subordonnées  doit permettre d’exprimer la relation avec la subordonnée précédente, considérée comme principale, qui est au passé.  (il a trouvé).

Les faits exprimés dans ces subordonnées paraissant simultanés, et et situés dans le passé, on utilisera l’imparfait ou le passé simple de l’indicatif pour permettre.

Ayant choisi d’employer le passé composé plutôt que le passé simple pour le verbe trouver, il me paraît logique de choisir l’imparfait.

L’auteur insiste sur le fait qu’il a trouvé dans la théorie baroque les outils qui lui permettaient de tenir sur la peinture de l’époque un discours …
ou
L’auteur insiste sur le fait qu’il trouva dans la théorie baroque les outils qui lui permirent de tenir sur la peinture de l’époque un discours …

Pour le dernier verbe (être dépourvu), tout dépend du sens.

– Si l’on veut exprimer le souhait de l’auteur de faire, à l’époque, un discours dépourvu de… , on choisira comme vous l’avez proposé l‘imparfait du subjonctif : fût dépourvu : L’auteur insiste sur le fait qu’il  a trouvé dans la théorie baroque les outils qui lui permettaient de tenir sur la peinture de l’époque un discours qui fût dépourvu de…

– Mais si le discours était, dans les faits, réellement dépourvu de… , c’est l’imparfait de l’indicatif qui convient puisque qu’il ne s’agit plus d’une volonté mais d’une réalité : L’auteur insiste sur le fait qu’il a trouvé dans la théorie baroque les outils qui lui permettaient de tenir sur la peinture de l’époque un discours qui était dépourvu de…
ou : L’auteur insiste sur le fait qu’il trouva dans la théorie baroque les outils qui lui permirent de tenir sur la peinture de l’époque un discours qui fut dépourvu de… (passé simple)