Si on conseille « partout » d’utiliser le subjonctif après un superlatif, on rencontre aussi souvent des restrictions à ce sujet, comme suit :

« […] dans certains cas, on peut établir une différence de sens selon que l’on emploie l’un ou l’autre mode :
comparons C’est le plus jeune conseiller qui a été élu maire (on constate que c’est le plus jeune qui a été élu) et C’est le plus jeune conseiller qui ait été élu maire (le locuteur souligne qu’on n’a jamais élu un conseiller plus jeune comme maire).  »
Dictionnaire de l’Académie

En réalité, l’emploi de l’indicatif se justifie dans beaucoup de cas. La nuance donnée ci-dessus apparaît souvent.

Bonjour,

Après les plus  suivi d’un adjectif, le subjonctif est d’usage.

Le subjonctif passé s’impose dans votre cas : « Fifi était l’un des chiens les plus brisés que nous ayons pris  en charge. »

C’est insoluble. Vous voulez comparer son état à l’époque par rapport à un groupe qui n’existait pas (tous ceux qui étaient venus avant ainsi que tous ceux qui sont venus depuis).
C’est comme si vous écriviez : En 1920, Martin était le plus rapide jusqu’à nos jours.
C’est comme si vous écriviez : Fifi était le chien que j’ai préféré.
Vous pouvez dire « il était brisé » (à l’époque). Vous pouvez dire « parmi tous ceux que nous avons pris en charge » (jusqu’à aujourd’hui). Mais vous ne pouvez pas mélanger les deux dans une même phrase.