N’étant pas sûr que mon message fût traité par vous-même.
Cette portion de phrase n’est correcte que si la phrase entière est au passé. Par exemple : N’étant pas sûr que mon message fût traité par vous-même, je vous avais parallèlement envoyé une lettre.
Mais si la phrase est au présent : N’étant pas sûr que mon message soit traité par vous-même, je vous envoie parallèlement une lettre.

« Ne fût-ce que » a le sens de : même si cela avait été. I
Je ne voyagerai pas avec vous, ne fût-ce/ même si cela n’avait été  que pour deux jours
Ici la forme subjonctif a une valeur d’hypothèse.

A ne pas confondre non plus avec le passé simple
Je lui ai proposé de l’accompagner. Mais fut-ce vraiment une bonne idée ?
Avec une phrase au présent, le verbe devient : Je lui  propose de l’accompagner. Mais est-ce vraiment une bonne idée ?