Bonjour lili54.

Il s’agit de la forme passive du verbe cocher qui se construit donc avec l’auxiliaire être.
Le verbe être est ici conjugué au passé composé, donc avec l’auxiliaire avoir suivi du participe passé de être.

L’accord se fait donc avec le sujet : les présences.

Les présences sont cochées. (présent)
Les présences ont été cochées dans le logiciel. (passé composé)

« les présencesont été cochées dans le logiciel »..
«  cochées » est attribut de présences et s’accorde donc avec lui.

Bonjour,

Ont été figure dans la conjugaison du verbe être (passé composé)

Il faut donc écrire : ont été cochées (accord en genre et en nombre avec le sujet)