Il n’y a pas de virgule entre parti et comme, donc il faut comprendre : Paul a cru qu’il était parti.

Pour comprendre Paul a cru qu’il n’était pas parti, il faut une virgule entre parti et comme.

« Il n’est pas parti comme tu l’as cru, Paul. »
Je comprends : il est bien parti, mais pas de la façon que tu as cru. En voiture, pas à pied.

« Il n’est pas parti, comme tu l’as cru, Paul »
Je comprends : Il n’est pas parti, comme tu l’as deviné, compris, pressenti (ces verbes portant moins à confusion que croire qui laisse entendre qu’on a tort).

« Il n’est pas parti, contrairement à ce que tu as cru, Paul. »
Tu croyais qu’il était parti mais tu t’es trompé.

Merci, ça tenait donc à une petite virgule. Il vaut mieux éviter d’utiliser « comme »  dans des cas pareils, peu de gens font attention à une virgule et un malentendu est vite arrivé.
Oui, Pascool, on peut imaginer qu’il est parti d’une autre façon, on peut  tourner la phrase autrement ou remplacer « comme » par un autre mot. Mais  nous voulions savoir lequel des deux sens avait la phrase telle qu’elle  était rédigée.
Merci à tous les deux de m’avoir répondu.