Il faudrait donner des exemples et un contexte et pour cela lire un texte entier pour la cohérence.
Toutefois, si votre souci est la qualité littéraire, vous devez établir une concordance des temps classique : subjonctif imparfait et passé dans un texte au passé. Vous utiliserez aussi le passé simple et le passé antérieur.
La langue orale ou les écrits professionnels courants tolèrent le subjonctif présent dans un texte au passé. Les temps passés seront donc plutôt le passé composé (imparfait et plus-que-parfait) et non le passé simple.

C’est-à-dire, par exemple, que l’auteur remplace « il voulait que je vinsse » par « il voulait que je vienne », parce que « vinsse » c’est top nul, mais préfère « je voulais qu’il fût » à « je voulais qu’il soit », parce que « fût » c’est trop classe. On ne peut que confirmer l’incohérence. Je n’ai jamais rien lu sur la possibilité de faire cohabiter les deux formes dans un même texte, mais cette façon d’écrire n’est pas intéressante, et ne dénote que les insuffisances de l’auteur, sans rien apporter.
Pour un auteur qui a choisi de généraliser le subjonctif présent, il faut toutefois comprendre que parmi ses rares subjonctifs imparfaits, certains auront une autre fonction que la simple concordance des temps, et ceux-là seront parfaitement acceptables s’ils sont justifiables par une notion d’hypothèse improbable.
Je voulais qu’il vînt, quand bien même il eût été retenu ailleurs.
Je voulais qu’il vienne, quand bien même il eût été retenu ailleurs.
Le premier subjonctif imparfait est transposé au présent par choix éditorial, mais le deuxième garde toute sa valeur, et amène une autre question sur la concordance des temps entre deux subjonctifs aux valeurs radicalement différentes (certains simplifient « eût été » en « fût » pour que chaque partie de la phrase baisse d’un cran, mais le plus discret est d’utiliser un conditionnel présent : Je voulais qu’il vienne, quand bien même il aurait été retenu ailleurs).
Personnellement, je n’accepterais pas le mélange de plusieurs temps du subjonctif dans le cadre d’une concordance des temps qui devrait être unifiée dans un livre, mais je tenterais occasionnellement de repérér le subjonctif imparfait ou plus-que-parfait pour analyser s’il a une valeur sémantique, et éventuellement le conserver.

Merci pour vos réponses.

Je parlais, en effet, exactement de ce phénomène littéraire et éditorial banal (mais non moins ridicule, ou cool, c’est selon…), qu’Eddy décrit avec drôlerie dans les premières lignes de sa réponse, et que l’on rencontre abondamment dans le domaine du roman contemporain, domaine qui m’intéresse ici.

Lorsqu’il s’agit de corriger un manuscrit d’auteur littéraire, il est souvent malaisé d’arbitrer, en tant que correcteur (vu le faible niveau de maîtrise de la langue constaté ici et là) : on se demande s’il faut proposer à l’auteur une concordance régulière (au risque de passer pour un correcteur « psychorigide » ou « scolaire », pauvre corrélat du « mauvais auteur » qui, lui, se perçoit en auteur inspiré, voire tout-puissant, et, de fait, le droit d’auteur consacre son droit moral d’écrire et de publier n’importe quoi), ou s’il vaut mieux, dans un même mouvement de lâcheté et de relâchement, économiser ses efforts et ménager les susceptibilités en laissant tomber la concordance des temps… à l’exception des fautes les plus choquantes 🙂

Eddy, cela dit, votre deuxième exemple, si je peux me permettre, était mal choisi puisque « quand bien même » appelle le conditionnel, et pas le subjonctif, à ma connaissance.

Donc, nous aurions, dans le cas d’un choix littéraire et éditorial régulier de non-concordance :
Je voulais qu’il vienne, quand bien même il serait/aurait été retenu ailleurs.
Et dans le cas d’une concordance des temps :
Je voulais qu’il vînt, quand bien même il eût été retenu ailleurs (mais ici, « eût été retenu » est un conditionnel passé à la deuxième forme, et non un subjonctif plus-que-parfait, bien qu’identique, d’où la confusion)

Mais je retiens le conseil de chercher une justification à l’irrégularité dans d’éventuelles nuances maîtrisées par l’auteur (c’est malheureusement chronophage, et souvent vain).