Personnellement, je mettrais le singulier car vous désignez un processus général et non plusieurs communautés humaines en particulier.
Les civilisations grecque et romaine ont disparu.
Des siècles de civilisation devraient nous inciter à moins de violence.

La phrase complète :

En effet, une des particularités de notre métier nous faisant particulièrement vibrer, est la chance que nous ayons de pouvoir côtoyer aussi intimement des objets ayant survécu à tant d’années, des siècles de civilisation , qui sont si lointaines et qui pourtant nous paraissent soudain si proches.

Je pense qu’il faudrait la modifier …

1) avec corrections :
En effet, une des particularités de notre métier nous faisant particulièrement vibrer, est la chance que nous avons de pouvoir côtoyer aussi intimement des objets ayant survécu à tant d’années,  à des civilisations , qui sont si lointaines et qui pourtant nous paraissent soudain si proches.

2) avec réécriture allégée :
En effet, une des particularités exaltantes de notre métier, est la chance de côtoyer intimement des objets ayant survécu durant des siècles à des civilisations si lointaines et qui nous paraissent soudain si proches.

Merci beaucoup , je finis par avoir l’esprit fatigué à force d’éplucher les 200 pages du mémoire !!!