Bonjour

Si vous vous adressez à une seule personne, masculine, c’est : êtes-vous bien certain ?
et si la personne est féminine, c’est : êtes-vous bien certaine ?
Certain est un adjectif qualificatif qui s’accorde en genre et en nombre avec son sujet, ici vous mis pour une seule personne.
Si vous vous adressez à un groupe, vous direz : êtes-vous bien certains, ou certaines si ce sont uniquement des filles, mais on n’est plus dans le cadre du vouvoiement.

Bonjour kosh.
Il s’agit du vous de politesse donc, comme vous le dites, vous vous adressez à une seule personne : êtes-vous certain.
Si vous vous adressiez à plusieurs personnes : êtes vous certains.
Bonne journée.