Je ne sais ce qui vous fait trouver yeux plus « lourd » que œil, mais cela mis à part les accords se font de la même manière : singulier pour un singulier et pluriel pour un… pluriel, même si des compléments de nombre différent sont juxtaposés.
La répétition de la préposition est en revanche bienvenue : « Suite aux fractures, aux points de suture et aux yeux au beurre noir (et à son œil au beurre noir)… »

merci Chambaron… «yeux» pourrait désigner les deux à la fois, alors oeil me semble plus précis pour cette raison (on n’a qu’un seul oeil poché normalement) … je crois que je vais y aller pour : «Suite aux fractures, points de suture et plus d’un œil au beurre noir,… »

Je ne vous comprends pas très bien Alain…
Vous savez que « Suite à  » ne se dit pas, mais vous souhaitez l’employer quand même…
On vous confirme que la bonne tournure serait « des yeux au beurre noir » mais vous préférez employer le singulier…
Bon, c’est votre choix…
En tout cas, il me semble qu’il manque une proposition à votre phrase, (soulignée dans mon exemple ci-dessous), et voici ma suggestion :
Après les fractures, les points de suture, et les yeux au beurre noir qu’il avait endurés……………………….