Merci beaucoup pour vos analyses qui sont intéressantes.
Cela me semble clair pour la question 2. Pour la question 3., j’aurais apparemment le choix entre le plus-que-parfait et le conditionnel passé 2e forme.
Quand à la question 1, je continue à m’interroger pour la cas de présumer (ce qu‘il présumait) ou bien ce dont il présumait, car on dit : présumer de qqchose https://www.cnrtl.fr/definition/présumer
S’il y a d’autres avis à ce sujet de la question 3, je suis preneuse…

Cyan est un nom. Diriez-vous une voiture cyane ? Il est complément du nom bleu, autrement dit, il complète l’information donnée par « bleu » qui n’est ni marine, ni ciel (deux noms également). Il n’y a pas lieu de mettre un trait d’union entre  les deux noms.

Il examine la voiture bleu cyan et ce qu »l présumait se confirme, il s’en est fallu de peu (pour ?) qu’elle (ne ?) soit éventrée dans l’accident.
Attention « présumer de » a un autre sens. Il ne signifie plus  Croire d’après certains indices, se faire une conviction sans preuves, considérer comme probable.   mais il signifie : Croire, prévoir, supposer quelque chose d’après des signes prometteurs, des indices. >>> le terme « prometteur » est très important.
Il ne veut pas dire supposer mais  s’attendre à « de la part » de quelque chose.
>>>>>> dont n’est pas possible on aurait une impropriété.

Pour la 3, je suis d’accord avec Bruno.
Phrase au passé :
Avec quel plaisir nous aurions sympathisé s’il nous eût été donné de vivre ensemble
cond. passé                                     cond. passé 2e forme (passif)
Avec quel plaisir nous aurions sympathisé s’il nous avait été donné de vivre ensemble.
cond. passé                                      PQP a valeur hypothétique (passif)

Et si la phrase est au présent :
Avec quel plaisir nous sympathiserions s’il nous était donné de vivre ensemble       
cond. prés.                                 imp. à valeur hypothétique (passif)

Vous demandez si cyan peut être assimilé à une couleur, c’est bien plus que ça, c’est une couleur à part entière (qui fait partie du spectre bleu – vous pouvez aller sur ce site qui donne accès à plusieurs dictionnaires et vous constaterez que tous donnent comme définition de cyan : couleur + des précisions. Et, incidemment, cyan peut aussi bien être substantif qu’adjectif (invariable)). Simplement, si dans votre cas – contrairement à ceux que vous citez – on ne met pas de trait d’union entre bleu et cyan, c’est que cyan ne vient pas modifier bleu pour y apporter une nuance d’une autre couleur, il vient simplement préciser de quel type de bleu il s’agit (ce n’est pas un bleu outremer, ni turquoise, ou encore turquin, c’est un bleu cyan). Cela dit, le Tlfi donne bleu(-)turquoise ou bleu(-)turquin avec un trait d’union possible.

Tara,

Je souhaite répondre à votre question : Le « ne » explétif n’est possible qu’avec le comparatif de supériorité ?

Il peut s’employer avec un comparatif de supériorité ou d’infériorité, mais pas d’égalité :
Il est moins bon qu’il n’en a l’air
Il est meilleur qu’il n’en a l’air
Il est aussi bon qu’il en a l’air

Voici ce qu’en dit le Bescherelle :
La phrase principale est une comparaison d’inégalité (construite avec : plus que, davantage que, moins que, mieux que, autre que, autrement que, meilleur que, moindre que, pire que, plutôt que, etc.).

Voici ce qu’en dit la BDL :
« Ne » employé avec un adverbe de comparaison
Le ne explétif s’emploie avec des adverbes de comparaison comme davantage, plus, moins, mieux, meilleur, pire, moindre, utilisés avec que pour introduire une phrase subordonnée.

Merci à tous pour vos développements qui m’ont aidée à faire un choix.

1)  Peu s’en est fallu que je rate le train (Selon Larousse). ou Il s’en est fallu de peu que Pierre n’assassine son rival. Attention, l’expression ne signifie pas sur le point mais « possible ».

2) ce qu’il présumait se confirme, ce qu’il supposait, ce qu’il prévoyait. J’ai du mal avec « dont il présumait » même si l’on peut dire présumer du résultat = prévoir le résultat.

3) Avec quel plaisir nous aurions sympathisé s’il nous avait été donné de vivre ensemble==> utiliser le plus-que-parfait avec « si »
Le conditionnel passé 2^e forme, identique au plus-que-parfait du subjonctif : auxiliaire être (je fusse, tu fusses, il fût, nous fussions, vous fussiez, ils fussent) ou avoir (j’eusse, tu eusses, il eût, nous eussions, vous eussiez, ils eussent) au subjonctif imparfait, suivi du participe passé du verbe à conjuguer.

4) On pourra donc écrire « qu’il n’y paraît » ou bien « qu’il y paraît ». Voir ici

5) J’ai tendance à penser que cyan n’est pas une couleur puisqu’il est donné comme un substantif, or les vraies couleurs sont des adjectifs.
On le rencontre plutôt sans trait d’union associé au bleu.

https://www.cnrtl.fr/definition/academie9/cyan

Marysa,

1 /
_ Cyan n’est pas un adjectif
_ Le verbe « présumer » est ici employé à la forme transitive et donc « dont » est un emploi fautif.
Dictionnaire de l’Académie :
V. tr. Juger par induction, conjecturer, supposer. Présumer le succès d’une affaire, l’issue d’un combat.
_ Il s’en est fallu de peu « que » et non pas « pour« 
_ Le « ne » explétif n’a aucune raison d’être ici, à mon sens…
–> Ma proposition :
Il examine la voiture bleu cyan et ce qu’il présumait se confirme, il s’en est fallu de peu qu’elle soit éventrée dans l’accident.

2 /
_ Dictionnaire de l’Académie :
Il y paraît, cela se voit, il en reste des marques. Cela est moins simple qu’il n’y paraît. 
On dira donc « il est meilleur qu’il (n’) en a l’air », mais certainement pas « aussi bon qu’il n’en a l’air« .
Diriez-vous « il est aussi beau qu’il n’est  gentil » ?……………
–> Ma proposition :
Ce gâteau est aussi beau qu’il l’espérait et aussi bon qu’il y paraît

3 /
Pas de subjonctif après « si » ! L’indicatif est de rigueur.
Diriez-vous « Si je puisse vivre avec toi » ?????????
–> Ma proposition :
Avec quel plaisir nous aurions sympathisé s’il nous avait été donné de vivre ensemble