La BDL :

« Après que

La locution conjonctive après que se construit avec le passé antérieur de l’indicatif ou, plus rarement, avec le passé composé ou d’autres temps de l’indicatif.

Exemples :

– Après qu’ils furent arrivés, ils allèrent saluer ma tante. (passé antérieur de l’indicatif/passé simple de l’indicatif)

– Après qu’ils seront arrivés, ils iront saluer ma tante. (futur antérieur de l’indicatif/futur simple de l’indicatif)

– Après qu’ils sont arrivés, ils vont saluer ma tante. (passé composé de l’indicatif/présent de l’indicatif)

Ce dernier exemple évoque un acte répétitif : ils ont l’habitude de saluer ma tante dès leur arrivée, chaque jour ou chaque fois qu’ils viennent.

Bonus : 

 La construction d’une phrase comportant la locution après que avec le mode subjonctif est critiquée; en effet, la proposition introduite par après que indique quelque chose de certain, qui s’est bel et bien passé (comme dans le premier exemple) ou qui se passera (comme dans le deuxième exemple). Cela n’est pas le cas des propositions introduites par la locution avant que, qui, elles, demandent le subjonctif, mode de l’incertitude et de l’hypothétique, car l’action exprimée par les subordonnées n’est pas encore réalisée.

Ainsi, on ne dira pas :

– Avant qu’il a commencé (passé composé de l’indicatif), j’aurai fini.

Mais on pourra dire :

– Avant qu’il ait commencé (passé du subjonctif), j’aurai fini (futur antérieur de l’indicatif). »

== Dans votre phrase, si on écrit avec une virgule  : Après, qu’il… dans le sens de « cela étant », « puisqu’il en est ainsi, » on peut mettre le subjonctif parce que le sens de la phrase est différent !

Après, qu’il soit bleu ou rouge, cela ne change rien.

merci, de votre rapidité et de votre réponse. Bonne soirée.

Dans votre phrase, vous n’avez pas utilisé la conjonction de subordination « après que » mais  « après », conjonction de coordination . Il faut d’ailleurs une virgule.
Cette utilisation de « après » est familière indique une opposition, une rectification de ce qui vient d’être dit :

On peut remplacer ce « après » par une conjonction
1.Cependant/mais, qu’il soit bleu ou rouge cela ne change rien à son aptitude..
2.Tout bien considéré, qu’il soit bleu ou rouge cela ne change rien à son aptitude.

Le « que » utilisé ici fonctionne seul pour introduire la proposition subordonnée.

Dans ces phrases 1 et 2, on utilise le subjonctif dans la subordonnée  « qu’il soit bleu ou rouge » parce qu’elle est sujet du verbe qui suit (cela ne change rien).