Bonjour,

Avec le verbe être, le participe passé s’accorde avec le sujet.
Dans ce cas ce sont les communes qui sont exonérÉES

Merci pour le rappel de la règle, j’en avais bien besoin.

Non.
Une communauté de communes est « un établissement public de coopération intercommunale [EPCI] regroupant plusieurs communes d’un seul tenant et sans enclave. » (Code général des collectivités territoriales), et à fiscalité propre. C’est donc une seule entité.
Ainsi, on n’accorde pas au pluriel (il ne faut pas de s), on écrira :
« […] alors que vous étiez auparavant exonérée… » ou « […] alors que vous étiez auparavant exonéré… », selon que l’on s’adresse à la communauté ou à l’établissement.

Avec la phrase exacte et complète à écrire, ce ne serait pas mieux ?

C’est toujours mieux  d’écrire la phrase complète et mieux encore de l’intégrer dans son contexte, ce qui peut étre indispensable dans certains cas.
il n’en demeure pas moins que la communauté des communes est singulier, et si l’on garde cette dénomination, on aura : la communauté des communes est exonérée…

Sur le principe, la lettre ou la note dans l’administration est toujours adressée à une personne : Monsieur le Chef de service…
Donc on n’écrit pas à une entité.

La phrase serait plutôt :

Votre EPCI a été exonéré ou la communauté à été exonérée.

Merci, on sait !
En fait, on s’adresse à une entité à travers son responsable.
Il n’en demeure pas moins que communauté des communes est singulier, et c’est bien là l’essentiel puisque c’était, en quelque sorte, l’objet de la question posée.