Puisque vous ne choisissez pas entre et et ou pour chaque élément, il vous faut considérer qu’il y a, à chaque éventualité (ou) deux sujets et donc utilser le pluriel : « sont ». On obtient un énoncé qui en effet, n’est pas très clair.

Il y a cependant moyen de reformuler de façon plus élégante :
La source de…XXX . est une  portion de féculents  trop importante, à quoi peut s’ajouter une carence, un microbiote hypermeable, ou un déséquilibre de votre PH corporel.