Comment vont ton fils, ta tante ?
Le sujet du verbe est « ton fils, ta tante », donc deux sujets séparés par une virgule, ce qui appelle le pluriel. Cela équivaut grammaticalement à « ton fils et ta tante ». La question est traitée ici, les rares cas où l’accord se fait au singulier sont cités, mais ils ne concernent pas cette phrase.
Dans le cas présent, il s’agit d’une question, donc il y a inversion du sujet et du verbe, ce qui crée peut-être le doute. Citons une phrase affirmative : ton fils, ta tante font du ski (et non pas fait du ski).
Ou encore, pour reformuler votre question : comment ton fils, ta tante vont-ils ? (et non pas comment ton fils, ta tante va-t-elle ?)

C’est ce qu’il me semblait aussi. Merci beaucoup.

Bonjour,

Comment va ton fils, ta tante ?  Cet extrait de dialogue transcrit probablement une élision, une pratique fréquente à l’oral (et aussi à l’écrit) quand on évite de répéter exactement les mêmes mots et qu’ils sont alors sous-entendus. Dans le cas présent, la ponctuation pourrait d’ailleurs être différente : Comment va ton fils ? Ta tante ?

Si vous renoncez  à l’élision, vous ne pouvez en aucun cas écrire *Comment vont ton fils, ta tante ?
Soit vous associez les deux personnes dans l’attente d’une réponse commune et vous devez coordonner les noms : Comment vont ton fils et ta tante ?
soit vous les dissociez et vous devez doubler la question :  Comment va ton fils? Comment va ta tante ?

Vous pouvez aussi opérer une élision moins radicale : Comment va ton fils ? …et ta tante ?