Bonjour,
L’adjectif ou le participe passé qui complète un groupe nominal s’accorde selon le sens avec le nom noyau (Une méthode de chant adaptée pour les enfants)  ou avec le nom complément (Une méthode de chant pratiqué en plein air). Avec votre exemple, il semble bien que ce soit la méthode qui soit axée ; cette interprétation est la plus logique.

Eh oui, une méthode de travail axée sur les échanges.
« méthode » est le mot-noyau avec lequel on accorde le participe, c’est comme un adjectif.