« Une expérience que je ne suis pas sûr d’avoir comprise » : je n’ai pas compris QUOI : une expérience. Ils’agit d’un COD (Complément d’Objet Direct), placé avant l’auxiliaire avoir et qui nécessite donc d’accorder le participe passé.

Comprise bien sûr à cause de l’expérience.
En revanche, est- ce que l’on comprend une expérience ?
On en tire les leçons.