Les deux sont possibles et corrects. Est-ce la politique ou les primes qui doivent être plus motivantes ? Pour le déterminer intuitivement, vous pouvez reformuler la phrase dans votre tête :
– il faut mettre en place une politique plus motivante, une politique salariale plus motivante (ici on parle bien de la politique) ;
– il faut mettre en place des primes plus motivantes ?

Diriez-vous plutôt « un système de primes plus motivant » ou « un système de primes plus motivantes » ? Encore une fois, les deux sont possibles et corrects, c’est à vous de décider selon ce que vous voulez dire.