Si les mots étincelle et acuité sont conçus comme une idée unique le verbe peut rester au singulier car on ne considère alors qu’un seul sujet global : « Il y avait chez lui une étincelle, une acuité, qui le déconcertait. »
Si les deux mots sont considérés comme cumulables, il vaut mieux le matérialiser par une conjonction de coordination : « Il y avait chez lui une étincelle et une acuité qui le déconcertaient. » (les virgules d’incise disparaissent)

Il y avait chez lui une étincelle, une acuité, qui le déconcertait.
« étincelle » et « acuité » désigne la même chose : le verbe est au singulier.