Bonjour,

Première phrase

À la forme canonique (sujet, verbe, complément), on peut assurément faire l’ellipse de pendant :

Il a attendu (pendant) une heure, qui lui a paru une éternité.

Mais je ne sais pas si cette ellipse est encore possible avec une relative. Si c’est le cas, alors comme une heure n’est pas COD, mais CC, il est logique de ne pas faire l’accord du participe passé.

En admettant que la forme L’heure qu’il a attendu lui a paru une éternité soit acceptable, elle sera de loin moins fréquente que : L’heure pendant laquelle il a attendu lui a paru une éternité.

Deuxième phrase

que mis pour bonnes notes est COD du verbe avoir, lorsque le COD est placé avant l’auxiliaire, on accorde celui-ci selon le genre et le nombre de l’antécédent, bonnes notes étant féminin pluriel, il est logique d’avoir le participe passé au féminin pluriel = eues.

Bonjour,

Pour trouver le COD : Il a attendu quoi  ? Un ami, un RDV chez le médecin ? on ne sait pas, pas de COD avant le verbe, pas d’accord.
Effectivement, « l’heure » répond à la question « combien de temps il a attendu ? : complément circonstanciel de temps et non pas COD, même si la tournure porte à confusion.

Bonne journée.

Fanny