Bonsoir,
Je vous remercie de votre coopération, qui nous a aidés (ou aidées si nous est exclusivement féminin) à avancer le projet. « Nous » est le COD placé avant, donc le participe passé s’accorde avec « nous ».

Cdlt

Shaza,

Petite coquille : coopération

Personnellement, il me semble qu’il manque un mot dans votre tournure « aider à avancer le projet « .
Je vous remercie de votre coopération qui nous a aidés dans (la progression / la concrétisation) notre projet
Je vous remercie de votre coopération qui nous a aidés à avancer dans (la concrétisation de) notre projet
Je vous remercie de votre coopération qui nous a aidés à faire avancer le projet