Oui, votre tournure est correcte, mais le « en » est inutile ici : quelles que soient les circonstances / quel qu’en soit l’enjeu

Ils ont envie de partir quelles que soient les circonstances météorologiques

Oui « quelles », mais pourquoi ?
« Quel/quelle » est un adjectif ici indéfini.
Un adjectif se rapporte à un nom est ce nom est les3 circonstances3 dont il est attribut puisque introduit auprès de lui par le verbe « être ».
Une substitution le montre clairement :
Ils ont envie de partir, que les circonstances météorologiques soient bonnes ou mauvaises, « Que » est ici adverbe ; il signifie « même si »

Merci ! En fait, le « en » figurait dans une dans une phrase similaire de la certification…