On peut écrire les deux comme on peut écrire (et dire) c’est elles, ce sont elles. C’est les pommes que je préfère – ce  sont les pommes que je préfère.
Pourquoi ? parce que c’est est ce qu’on appelle un présentatif, comme il y a ou voilà qui restent invariables.
Cependant on le sent encore comme pronom (ce) + verbe (être) d’un pronom + verbe. Et si on ne peut dire ce sommes* nous, s’êtes* vous, ce suis* moi, c’es* toi, on a pourtant gardé la possibilité de la 3e personne du pluriel.

Remarque : on dit que marquer le pluriel appartient à une langue plus soutenue. Je ne suis pas tout à fait d’accord, mais on le dit.