Si vous utilisez « on » avec une valeur de pluriel féminin (au sens de « nous ») alors il faut écrire : Comment pouvait-on être ignorées des humains.
Sinon, il est neutre et le neutre en français est marqué par le masculin : Comment pouvait-on être ignoré des humains. Sa valeur est généralisante.

SI vous voulez marquer le féminin singulier, il vous faut un pronom personnel : Comment pouvait-elle/pouvais-je être ignorée des humains.

Cet emploi de on pour désigner une personne déterminée de sexe féminin est possible. Extrait de la 9e édition du dictionnaire de l’Académie :

Cependant, cet usage n’étant sans doute pas très fréquent, votre énoncé risque d’être perçu comme fautif ; néanmoins, si vous souhaitez conserver ce pronom, alors il faudra en effet accorder le participe passé au féminin singulier > Comment pouvait-on être ignorée des humains ?

Il arrive en effet, essentiellement dans l’usage littéraire, que le pronom on s’applique à une personne précise évoquée précédemment. C’est donc le contexte qui permet cette figure difficilement utilisable dans la langue courante : « Il passait son temps à expliquer à Justine les subtilités de l’accord du participe passé avec l’auxiliaire avoir. Mais elle semblait n’y rien comprendre. Comment pouvait-on être aussi sotte ? » L’accord se fait normalement, avec la (les) personne(s) représentée(s).

Je vais donc le mettre au féminin car le contexte le permet.

Merci beaucoup !