Excellente question à propos d’un beau terme dont le spectre sémantique est assez riche ici, ce qui ne doit pas le rendre « passe-partout ».
Il me semble que l’emploi dans le sens que vous indiquez du verbe « accompagner » est un bel exemple de « politiquement correct » donc de n’importe quoi. Dans la langue des affaires alors que les consultants externes ont acquis une position d’experts sur de multiples sujets plus ou moins maîtrisés, « nous avons accompagné notre client » (emprunt aux champs social et pédagogique)  a clairement eu la signification de « nous avons conseillé notre client dans le cadre d’une prestation  facturée à prix d’or ».
Ensuite, il y a eu les accompagnants sociaux,  sexuels, …bref un mot à la mode qui trahit peut-être une grande solitude, mais qui risque de s’user, à l’instar des « vécu » ou  « remontée »…
En tout cas, comme tous les mots « passe-partout », je trouve qu’il manque de précision. Ainsi dans votre exemple, l’accompagnement de votre locuteur mérite un adjectif, un adverbe ou un complément circonstanciel : a-t-il accompagné « financièrement », musicalement, aux petits oignons….?
Le mieux est d’utiliser un autre terme : j’ai côtoyé, j’ai assisté, j’ai financé, j’ai dirigé…

Enfin, pour répondre à votre question, je ne pense pas que le verbe « accompagner » ait réellement le sens de collaborer sauf pour  le pianiste qui joue avec un autre instrumentiste et qui « collabore » à l’interprétation d’une oeuvre. Un peu clinique pour la circonstance… Il ne me semble pas que « collaborateur » soit synonyme d’accompagnateur ou d’accompagnant. Encore un éclairage Larousse 

Quant à la préposition « sur », j’insiste pour lui conserver son vrai sens au lieu de l’employer pour tout et surtout pour des phrases inélégantes : « Il nous a accompagnés sur cette mission, sur toute l’année, sur Paris, sur le site de X… » Abusif, non ? 

Pour finir sur une note véritablement humaine, lire l’introduction de ce texte. 

Comme tout cela est dense et intéressant. !Je vous remercie. Comme la plupart des réponses que je reçois sur cette plateforme, je la garde précieusement. Aussi, comme très souvent après les explications reçues, lorsque je rencontrerai à nouveau le verbe en question ou son substantif, il aura une autre résonance (vous aviez déjà « traité » ce terme !).

J’avais pensé à « collaborer », parce que l’auteur de la phrase a travaillé avec les chercheurs qu’il nomme lors de /dans des/au sein de/ à des (collaborer à des projets) / dans le cadre de projets de grande envergure. Il a apporté à des scientifiques un éclairage différent et fort utile.

La phrase pourrait donc devenir : « C’est ainsi que j’ai travaillé  avec des chercheurs dans le cadre de grands projets de recherche, à l’époque réputés impossibles, voire totalement inenvisageables. Les sujets  de recherche sur lesquels nous travaillions sont aujourd’hui d’une brûlante actualité…  » ?