A l’emplacement où à la place de l’ancien beffroi me paraît très bien.
Il sous-entend la position évoquée par « sur » car on ne peut pas construire une maison « sous » un emplacement.

Les deux tournures sont correctes grammaticalement et identiques pour le sens.
Tout au plus peut-on constater une évolution dans le temps, l’époque contemporaine privilégiant « à » à « sur » comme le montre le graphe de fréquence joint,  Voir ICI.