Il me semble que le sens n’est pas tout à fait le même. Avec « à », il s’agit de se déplacer jusqu’à cet endroit, mais peu importe que vous restiez à côté ou à l’intérieur.

Ainsi je dirais: je vais à l’église, à l’école, à la maison. Mais si je suis à côté d’un de ces bâtiments, et que je veux exprimer que je vais rentrer dedans, là l’emploierai « dans » : « Je vais dans l’église ».

Ainsi, si je dis « Va à la maison ! », cela est différent de « Va dans la maison ! ». Dans le premier cas, il s’agit de se rendre à un endroit, mais à la rigueur on pourrait rester dans la jardin. Dans le second, il s’agit expressément d’aller dedans et d’y rester.

De même, sur les lieu assez vagues ou générique, j’utiliserais plutôt « à » (je vais à l’étage). Quand il s’agit d’une pièce en particulier, pour ma part j’utilise plus souvent « dans » (« je vais dans ma chambre »),  mais je pense que les deux sont acceptables. Et si je veux punir mon fils, je lui dirai certainement : « Va dans ta chambre ! ».

C’est peut-être aussi une question de distance: quand on se rend à un endroit distant, je pense qu’on utilise de préférence « à » : « Je vais à la salle (de sports) ».  Car c’est plus le lieu qui compte que le fait de se rendre à l’intérieur.