Le choix se fait entre :
1 C’est l’exercice le plus compliqué qu’il ait eu à faire.
2 C’est l’exercice le plus compliqué auquel il ait eu affaire.

La locution verbale est avoir affaire à  = être confronté à.

Les sens obtenus en 1 et 2 son différents :
1 : il a dû faire un exercice très compliqué : il a dû  résoudre le problème compris dans l’exercice.
2 : il a été confronté à, mis en face d’un exercice très compliqué.

On ne peut remplacer une orthographe par l’autre car le sens est radicalement différent :

• avoir affaire à est une locution qui signifie être confronté à, être en rapport avec.
• avoir à faire signifie devoir faire, devoir réaliser.

Vous pouvez remplacer ces locutions par leurs équivalents pour savoir quelle orthographe appliquer.

J’ai eu affaire à de nombreuses personnalités différentes durant ma carrière –> j’ai été en rapport avec de nombreuses personnalités…

J’ai beaucoup à faire d’ici la cérémonie –> je dois faire beaucoup de choses….

• Bonsoir

…à faire